Genomas cordobeses del #COVID-19: 6 claves del estudio coordinado por el Dr. Echenique

por | 24 julio, 2020

Genomas cordobeses del #COVID-19: 6 claves del estudio coordinado por el Dr. Echenique

Viernes, 24 Julio 2020

 

En julio, el equipo de investigación coordinado por el Dr. José Echenique, del Departamento de Bioquímica Clínica de la Facultad de Ciencias Químicas (UNC) y del Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología (CIBICI), presentó los resultados del análisis de 22 genomas de cepas de SARS-CoV-2 aisladas de personas infectadas con #COVID-19 en la ciudad de Córdoba.

El estudio incluyó casos de dos brotes surgidos en esta ciudad en el mes de mayo. Las muestras fueron provistas por el Laboratorio Central de la Provincia de Córdoba y las secuenciaciones se realizaron con tecnología MinION Nanopore en el laboratorio del Dr. Daniel Pérez, de la Universidad de Georgia (Estados Unidos).

A partir del financiamiento otorgado por la Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica de la Nación mediante un proyecto IP COVID-19, el objetivo del equipo científico es seguir investigando para secuenciar 100 genomas locales durante los próximos meses. Esto permitirá evaluar la evolución epidemiológica en Córdoba y conocer posibles mutaciones de las cepas que circulan en la región, con el fin de advertir su influencia en el tratamiento clínico de pacientes con COVID-19.

 

6 claves del estudio sobre genomas cordobeses del coronavirus

1) El genoma viral constituye el material genético de estos microorganismos y está conformado por un grupo de genes que codifican para las proteínas que necesita el virus para replicar y formar las partículas virales. Las secuencias de nucleótidos que definen cada genoma se analizan por técnicas de secuenciamiento de ADN, y permiten conocer el probable origen de las cepas.

2) Mediante el análisis de las secuencias de los genomas de las cepas de SARS-CoV-2 circulantes, se determinó que en Córdoba predomina un linaje (familia del virus) surgido en Europa. De las 22 personas investigadas, 21 presentaron el linaje B.1.5, que circuló originalmente en España y Reino Unido, y actualmente se encuentra en 46 países. Por otra parte, se identificó una cepa del linaje denominado B.1.5.3, que circuló en Reino Unido, Suecia y Australia, y que no había sido identificada hasta el momento en Argentina.

3) Conocer las secuencias de los genomas de las cepas de SARS-CoV-2 que se introdujeron a esta región, y cuáles siguen circulando, permite identificar nuevas características del virus, tales como su alta infectividad o la capacidad de causar infecciones asintomáticas. A nivel mundial, ya se han secuenciado más de 90 mil genomas de coronavirus. 

4) La investigación realizada en Córdoba advirtió mutaciones locales inéditas de SARS-CoV-2, además de otras ya identificadas a nivel mundial, ligadas a su capacidad de adaptación y propagación. 

5) Mutaciones identificadas en el estudio: en el gen RdRple permite al virus mutar fácilmente (fenotipohipermutador), mientras que mutaciones en el gen S, que codifica para la proteína Spike (“puntas” que el virus utiliza para unirse a las células humanas para invadirlas) incrementa su infectividad. Ambas ya fueron descriptas en otros países.

6) Dentro de las mutaciones encontradas en las cepas de SARS-CoV-2 de Córdoba, el equipo identificó una inédita en el gen ORF3a, que provocaría que el virus mate menos células durante la infección de las personas. Esta mutación, probablemente, sería la causa de casos asintomáticos y de la mayor transmisibilidad del virus. 
Existen otros cambios genéticos del virus que sólo se dieron en Córdoba y que sirvieron para marcar la trazabilidad del SARS-CoV-2, es decir la trayectoria y mutaciones que va teniendo el virus en esta región a medida que se propaga.

 

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Linajes genéticos de las cepas del virus SARS-CoV-2 detectados en Córdoba. Elaboración: Dr. José Echenique
 

 

Equipos de investigación que participaron:

  • Departamento de Salud Poblacional (Facultad de Medicina Veterinaria, Universidad de Georgia, Estados Unidos): Dra. Lucia Ortiz y Prof. Daniel Pérez. Con el apoyo de Institutos Nacionales de Salud de Estados Unidos (RO1- UGA). El Dr. Pérez es bioquímico y egresado de la FCQ (UNC). Actualmente, es un referente internacional en influenza aviar y humana. 
  • Base2Bio (Wisconsin, EE.UU.): Dr. Claudio Afonso.
  • Laboratorio de Microbiología Molecular y Celular (Facultad de Ciencias Químicas, Universidad Nacional de Córdoba; CIBIBI, CONICET): Dr. José Echenique.
  • Laboratorio Central de la Provincia: Dr. Gonzalo Castro.
  • Secretaría de Prevención y Promoción de la Salud, Ministerio de Salud de la Provincia de Córdoba: Dra. Gabriela Barbas.
  • Instituto Universitario de Ciencias Biomédicas de Córdoba: Dr. Danilo Ceschin.
  • Instituto de Virología “José Vanella”, Universidad Nacional de Córdoba: Dra.Viviana Re.

Fuentes:
Viano, Lucas (2020, 18 de julio). “Secuencian los primeros “genomas cordobeses” del coronavirus”. La Voz del Interior [En línea] https://www.lavoz.com.ar/ciudadanos/secuencian-primeros-genomas-cordobeses-del-coronavirus[Consu… 21 de julio]

CIBICI-CONICET y Facultad de Ciencias Químicas de la Universidad Nacional de Córdoba(2020). “Análisis de secuencias de genomas de cepas de SARS-CoV-2 detectadas en la Ciudad de Córdoba. Informe presentado al Ministerio de Salud de la Provincia de Córdoba”. Córdoba, Argentina. 

 

Autorización de la publicación: Dr. José Echenique (FCQ, UNC -CIBICI, CONICET) y Lic. Víctor Díaz (PCI, FCQ, UNC)
 


Equipo del Dr. José Echenique (FCQ, UNC; CIBICI, CONICET)


Equipos de investigación que formaron parte del estudio en Estados Unidos. Entre ellos, los argentinos Pérez y Afonso


Dr. Daniel Pérez, bioquímico egresado de la FCQ (UNC). Actualmente, es referente internacional en influenza aviar y humana.